日本航空は昭和26年8月（1951年）に発足した旧 日本航空（株）に始まりました。
当時のマッカーサー司令部から「国内航空運送の営業面に限って」許可された会社で、運航・整備等はすべて米国のノースウェスト航空に委託し、営業面のみを主たる目的とする会社でした。
また、昭和27年7月（1952年）には、自主運航を目指して将来合併することを前提に、航空機整備を主目的とする日本航空整備株式会社が子会社として設立されました。

日本航空発足後1951年11月に「日航労組」が発足し、日本航空整備発足後1953年7月に「日整労組」が発足しましたが、そこから民主的労働運動を志向する第二組合として1965年に事務系の「日航新労」と整備系の「日航民労」が発足し、その2労組が1969年8月に合同して「全日本航空労働組合（全労）」となったものが現在のJAL労働組合の前身となります。

その後客乗職においても民主化が始まり、1975年に「客乗組合」から分裂する形で「全労　客乗支部」が立ち上げられました。
その後、1990年に愛称を「JALFIO」とし、2001年に「全労」から「JAL労働組合」に改称しました。
2005年のJALJAS経営統合を機に旧JALJ内に労使協調路線を採る「オールJALジャパン労働組合」が2005年2月に新設されました。同組合は同年9月に解散し、その多くの仲間をJALFIOに迎え入れました。その後も旧JALJ出身の皆さんへのJALFIO加入の呼びかけを行い仲間に迎え入れる取り組みを継続し現在に至っています。
私たちの先輩たちが目指した、階級闘争や左翼的労働運動と決別し、「将来の一企業一組合を実現する」という熱い思いは、約50年の歳月を経た今もなお、私たちの活動の中に脈々と受け継がれています。